通过海关时，香港居民与外来旅客分别从不同通道过关，入境处一般均会有醒目标志，标出正确通道，请注意遵循有关说明过境。办理出境手续基本与入境手续相似，只需持本人有效证件和已填妥的.出境登记卡，排队办理出境手续。各关口也均有明显标志，指示持不同证件人士的出境通道，请注意核对，选择正确通道出境。香港机场、九龙火车站、上环码头、中港城码头等均设有出入境关口。香港与深圳接壤处，也在罗湖、皇岗、文锦渡等地开设出入境关口。
因此，无论选择坐飞机、轮船、火车直接抵离港，或通过深圳进出香港，都可以非常方便地办理出入境手续。请注意，自行抵达深圳过关入港者，须留意各关口闭口时间。一般而言，个人自行过关，大多从罗湖关口入境，该关口在6:30－0：00之间办理出入境手续。有车辆者可自文锦渡关口入境，该处入境者较少，办理手续比较快，办理时间在7：00－22：00。皇岗关口多为货柜车通行口岸，也有部分直通旅游巴士由此处入境。